Desa Loa Duri Ulu berdiri sejak tahun 1999 dan merupakan desa induk yang dimekarkan menjadi dua, yaitu Desa Loa Duri Ulu dan Desa Loa Duri Ilir. Proses pemekaran ini terjadi di bawah kepemimpinan H. Yuslit M., yang menjabat sebagai kepala desa dari tahun 1994 hingga 2002. Sementara itu, desa hasil pemekaran, yaitu Desa Loa Duri Ilir, masih berstatus desa persiapan dan dipimpin oleh Bapak Hasan AS.

Sebelum pemekaran, Desa Loa Duri Ulu dan Desa Loa Duri Ilir masih bersatu dengan nama Desa Loa Duri, yang berada di bawah kepemimpinan Bapak H. Yuslit M. Pertumbuhan desa dan peningkatan jumlah penduduk sangat tinggi, salah satunya disebabkan oleh berdirinya perusahaan Plywood PT Kayu Alam Perkasa Raya (KAPR), yang kemudian diikuti oleh berdirinya perusahaan-perusahaan kayu dan tambang lainnya. Kehadiran perusahaan-perusahaan ini mendorong banyaknya pendatang yang datang untuk mencari pekerjaan, yang pada akhirnya menyebabkan kepadatan penduduk. Karena kondisi inilah, Desa Loa Duri akhirnya dimekarkan menjadi dua desa, yakni Desa Loa Duri Ulu dan Desa Loa Duri Ilir. Pada masa kepemimpinan Bapak H. Yuslit M. juga didirikan kantor desa yang baru, mengingat kantor desa yang lama sudah tidak memadai lagi. Pembangunan kantor desa dilakukan pada tahun 1998-1999 dengan bantuan dari Pemerintah Provinsi Kalimantan Timur dan Pemerintah Kabupaten. Pada tahun 1999, kantor desa yang baru pun selesai dan diresmikan bersamaan dengan pemekaran Desa Loa Duri menjadi Desa Loa Duri Ulu dan Desa Loa Duri Ilir.

H. Yuslit M. memimpin Desa Loa Duri Ulu selama 1 tahun 4 bulan sebelum masa jabatannya berakhir pada bulan April 2002. Di akhir masa jabatannya, dibentuk Badan Perwakilan Desa (BPD) untuk pertama kalinya, berdasarkan peraturan Pemerintah Kabupaten Kutai Kartanegara, dengan keanggotaannya dipilih langsung oleh masyarakat.